Родился в семье режиссёра Сергея Федоровича Бондарчука и актрисы Ирины Константиновны Скобцевой.
Окончил ВГИК по специальности «Режиссёр-постановщик» (мастерская Юрия Озерова).
В 2002 году получил свою первую кинонаграду – приз за Лучшую мужскую роль второго плана в фильме «Кино про Кино» (2002), профессиональная премия гильдии актеров кино «Созвездие». А также дебютировал в качестве кинопродюсера с фильмом «В движении».
Стал первым, кто получил от Бориса Стругацкого личное одобрение и права на экранизацию фантастического романа братьев Стругацких «Обитаемый остров».
Высшее образование получил во ВГИКе по специальности «Режиссёр-Постановщик» (мастерская Юрия Озерова). В кино дебютировал в 1986 г., сыграв роль царевича Фёдора в исторической драме «Борис Годунов» (реж. Сергей Бондарчук). Также, будучи студентом, он снялся у собственного педагога в фильме «Сталинград» (1989).
Лауреат премии ТЭФИ-2003. Телеакадемик.
Является обладателем почетной награды за вклад в мировой кинематограф 47-ого Международного Кинофестиваля «Золотой апельсин», октябрь 2010 г.
По окончании режиссёрского факультета ВГИКа в 1991 году вместе с другом детства Степаном Михалковым создает производственную компанию «Art Pictures Group», которую в 2006 году совместно со своим партнером продюсером Дмитрием Рудовским реорганизовывает в «Art Pictures Studio». В настоящее время компания занимается кинопроизводством, кинотеатральным прокатом и дистрибуцией кино- и видеопродукции.
Федор Бондарчук является председателем попечительского совета ОРКФ «Кинотавр», академиком Национальной кинематографической премии «Ника», членом Национальной Премии в области кинематографии «Золотой орёл», телеакадемиком, учредителем группы компаний «Главкино», одним из основных инициаторов проекта «Киносити».
