Окончил Вестминстерскую городскую школу и колледж Южной Темзы. Занимался в театральной школе Хакли. Играл в театре Пекхема и Национальном театре, в том числе главную роль в постановке «Отелло» в 2010 году
Дебютировал на телевидении в 2011 году. В 2012 году получил премию «Black Reel Awards» в категории «Лучший актёр» за роль в фильме «Чужие на районе». В 2013 году Джон исполнил роль второго плана в фильме «Половина жёлтого солнца». В 2015 году сыграл штурмовика Финна в фильме «Звёздные войны: Пробуждение силы», а в 2017 году появился в его продолжении — «Звёздные войны: Последние джедаи».
На данный момент его крайней работой стал сиквел блокбастера "Тихоокеанский рубеж" стартовавший на больших экранах 22 марта 2018 года.
Бойега основал свою продюсерскую компанию, которая принимала участие в работе над "Тихоокеанским рубежом".
